警方几乎查遍了所有与晓玄有关的资料和有关联的人，但仍然找不到杀害晓玄的嫌疑犯。正当警方困惑的时候，沈翊将美术生的素描头骨的画作拿回家并结合与这件案子有关的人的口供，发现了晓玄的日记有些地方在说谎。比如，施暴者说4月1日阳光正好，而晓玄的日记写了下雨。且根据4月1日的素描头骨画作中所透露出来当天的光线与湿度程度，我们可以推断出4月1日是雨天而非晴天。通过这个方法以及上网查找天气预报，沈翊发现晓玄日记中有关描写暗恋美少年的语句的那天所写的天气都是错的。再加上杜城和沈翊在看晓玄以前的两颗榕树画作时，发现了有两个唇印印在一起。
忽略晓玄的唇印，剩下的那个唇印便是晓玄暗恋的人的唇印。而这个唇印安在一个男子的脸上显得格外精致。沈翊有了一个大胆的想法！把唇印安在一个女生的身上就很合适了。沈翊把之间根据晓玄日记对暗恋少年的描述所画出来的人像稍作修改，一个栩栩如生的女孩的脸便跃然于纸上。杜城一看，被惊到了，立刻转头与沈翊对视，惊呼道；“瞿蓝心！”没想到晓玄暗恋的人竟是个女孩，而且是一直在帮助他们查案的文静的女老师。正在此时，法医告诉了他们一件好消息，在死者尸体所夹带的土壤里检验出榕树花的成分。将事情联合起来，警方派人去学校附近的的两颗大榕树下搜索证据，这也是晓玄经常画的两颗大榕树。果然，警方在榕树的土里找到了一把美工刀和一些衣服的残片。
这时的瞿蓝心剪去了长发，站在教学楼的天台眺望这那两颗大榕树，以及那些在忙碌的警察。沈翊不经意间发现了瞿蓝心静静地站在高高地天台边缘，立马与警方大部队赶往瞿蓝心所在的地方。警方到达天台后，与瞿蓝心对峙着，试图安抚她。而瞿蓝心点名只要沈翊留下来。接着便是以瞿蓝心的视角交代整个案情的经过。这是两个受到校园欺凌的女孩相互救赎却以失败告终的故事。
晓玄因为自身性格的孤僻敏感与同学的关系一直都不好，经常转学。一天，当她一个人留在教室画画的时候，那位猥琐的美术老师以教晓玄画画为由，从晓玄身后围住她，手把手地教。而晓玄心中害怕却也不敢反抗。而这时刚打完球的瞿蓝心看到了，便用篮球砸向旁边画架，发出嘣的声响，把老师吓跑了。也正是在这一刻，晓玄把瞿蓝心当作自己生命中的光，会静静地关注起瞿蓝心，心生爱慕。而瞿蓝心呢，她喜欢短发，喜欢打篮球，她与一般的女生的爱好不一样，也是因为她的与众不同让她与班上的女生格格不入，受到别人的排斥。虽然，蓝心跟晓玄不一样，她不在乎别人的看法，但是她对于晓玄默默地陪伴也感到开心，她以为晓玄跟其他女生不一样，她是理解她的，是自己的知音。
于是蓝心也会默默陪伴晓玄，会在晓玄被罚跑的时候，远远地跟在她后面陪她一起跑来安慰她，会在下雨天跟在她身后与她一起回家。直到晓玄要转学了，她们的联系与交流是周末的时候，在那两颗榕树下前后脚送和收礼物。一天，蓝心发现晓玄送给她的画上画的是自己，但是确实晓玄自己想象出来的自己。画上的蓝心有着一头帅气飘逸的短发以及突出的喉结。瞿蓝心想让晓玄认清自己是个女孩子她约晓玄在榕树下见面。约定见面当天，蓝心身着蓝色的长裙，略带拘谨，笑着对一脸震惊和不可思议的晓玄说：“晓玄，是我呀，瞿蓝心。”晓玄却崩溃了，她大哭，对瞿蓝心喊道：“你为什么要把他给毁了，我的光死了！”晓玄神情恍惚，用美工刀自杀了。瞿蓝心后悔不已，她抱着晓玄，手足无措喊着：“对不起，晓玄！我不应该刺激你的，我去叫救护车！晓玄！”晓玄不愿走，她要在这两颗榕树下陪着她想象出来的瞿蓝心，那道已经逝去的光。
最终，晓玄死了，瞿蓝心没有勇气承担这件事的后果，便把晓玄埋在了这两颗榕树下。之后，蓝心便经常来看这里看望晓玄，陪陪她。直到有一天听到了榕树那边要修路，便把晓玄的尸体转移到离她更近的学校里，还把晓玄的头骨与美术室中捐献的头骨偷偷更换，也是为了让晓玄离自己更近一点。
操场埋尸案最终是以瞿蓝心带上手铐押回警局画上了句号。看完这个案件，我们不禁感到唏嘘。引用剧中沈翊对瞿蓝心说过一句话作为结尾——“与众不同，或许很难被理解，但应该被尊重。”